Der Ortsname Quepos stammt von dem hier lebenden Quepoa Indianerstamm. Im Frühjahr 1563 traf der spanische Eroberer Juan Vasquez Coronado in dieser Region ein.
Um die vom Fischfang und Landwirtschaft lebenden Indianer zu missionieren wurde 1570 von den Franziskanern an der Mündung des Rio Naranjo eine Missionsstation errichtet. 1730 wurde diese aber wieder aufgegeben, es sind noch ein paar Grundmauern des alten Gebäudes zu sehen.
Ab den 30iger Jahren wurden rund um Quepos fast nur Bananen angebaut und 1939 wurde für den Abtransport der Hafen errichtet. 1950 wurden grosse Teile der Plantagen von Krankheiten befallen und viele Pflanzen gingen ein, heutzutage wachsen auf den Feldern hauptsächlich Ölpalmen.
Von Ende Februar bis Anfang März wird in Quepos ein Karneval zelebriert. Ein entscheidender Vorteil der Stadt ist, dass es einfacher ist in Quepos günstige Unterkünfte zu finden als in Manuel Antonio. Busse verkehren regelmässig zwischen Quepos und Manuel Antonio und so kann man problemlos den Tag im Nationalpark verbringen und in Quepos übernachten.
Neben vielen italienischen Lokalen gibt es gute, auf frischen Fisch spezialisierte, Restaurants. Wer sich anschliessend in das Nachtleben stürzen möchte findet hier eine gute Auswahl an Bars und Diskotheken die gleichermassen von Einheimischen und Touristen frequentiert werden.
Am Strand von Quepos, El Cocal, gibt es gefährliche Strömungen, wesentlich schöner und ungefährlicher sind die Strände vom Nationalpark Manuel Antonio.
Im Hafen Marina Pez Vela von Quepos können Boote in verschiedenen Größen zum Sportfischen gechartert werden. Vor allem zwischen Dezember und Mai kommen viele Sportfischer in die Stadt um ihrem Hobby nachzugehen. Hauptsächlich die mehrere Meter aus dem Wasser springenden Schwertfische werden dann gefischt.
Des Weiteren kann man hier seinen Tauchschein machen, Pferde, Mountainbikes und Kajaks mieten. Für Wildwasserfahrten ist der nahe gelegene Fluss Naranjo bestens geeignet.