El mayor parte del parque nacional está en el mar. Además la Isla Ballena y la Isla Las Tres Hermanas son parte del territorio del Parque Nacional Marino Ballena.
La costa es muy variada y consiste de manglares, estuarios, lagunas y hermosas playas como la Playa Ballena. Llamativo son las iguanas verdes que bucean por las algas verdes en el mar. Cuando la temperatura de su cuerpo bajo demasiado ellas se calienten en el sol un rato.
Las tortugas marinas vienen entre setiembre y octubre para el desove.
Como indica el nombre es uno de los mejores lugares para observar ballenas. Especialmente ballenas jorobadas vienen para aparearse desde Alaska, California y Hawái. Los mejores meses para observar las ballenas son diciembre y mayo.
Este lugar ofrece buenas condiciones para practicar snorkeling y buceo. Normalmente es mejor en la época seca por la mejor visibilidad en el agua, hay menos sedimentos en el mar. Demás es más probable que el cielo esté despejado y que el sol alumbra el mundo submarino.
Hay una gran variedad de peces, crustáceos y aves marinas. Es fácil encontrar delfines dentro de Parque Nacional Marino Ballena.
Los bucos normalmente bajan cerca de la Isla Ballena y la Isla Las Tres Hermanas. Muchas veces las ballenas se mantienen cerca de Las Tres Hermanas.
Hoteles y cabinas de diferentes categorías se encuentran cerca del parque nacional. Los mejores hoteles están ubicados en las lomas con una vista increíble sobre el parque nacional marino. Es uno de los mejores lugares de Costa Rica para observar las ballenas. Con esta vista algunos han pensado en emigrar o pensionarse en Costa Rica!